YPPS mengembangkan kerja sama kemitraan dengan berbagai pihak untuk melaksanakan visi, misi dan program-program kerjanya :
- Dengan pemerintah (secara khusus pemerintah Kabupaten Flores Timur).
Dengan Pemerintah, YPPS mengembangkan advokasi kebijakan terkait isu-isu pembangunan berkelanjutan terkait program-program yang sedang dikerjakan YPPS tanpa mengakses dana APBD. - YPPS mengembangkan kemitraan dengan mitra penyedia dana (funding) sesuai dengan program YPPS.
Sepanjang sejarah, YPPS telah bermitra dengan DFID/MFP untuk advokasi pengelolaan hutan, CEPF untuk advokasi penyelamatan hayati laut dari destruktive fishing, SNV untuk advokasi pangan dan gizi untuk penurunan stunting melalui program Voice for Change Partnership – food and nutrition Security, Asmor Foundation melalui Yayasan Idep Selaras Alam untuk Pengurangan Risiko Bencana dan Permanen Agricultur. - Saat ini YPPS sedang bekerja membangun Ketangguhan Masyarakat terhadap Bencana dan Perubahan Iklim.
Tiga Proyek untuk tema ini, yakni ICDRC Bersama Oxfam untuk tema Pertanian Adaptif Kekeringan, FloDesa Bersama CRS, VICRA Bersama Pemerintah Belanda melalui PATIRO Jakarta, dan Tunas Harapan Bersama Idep Selaras Alam.
